Ефективно проследяване на Omicron с нов PCR тест
Съвместният изследователски център на Европейската комисия разработи нов метод за откриване, специфичен за варианта Omicron. Методът е успешно валидиран in silico, базиран на биоинформатика. JRC сега кани контролни лаборатории по целия свят да го валидират in vivo върху клинични проби.
След неотдавнашната поява на нов опасен вариант на SARS-CoV-2, Omicron, в Южна Африка и с първите случаи, съобщени в Европейския съюз и в Обединеното кралство, проследяването на вируса и наблюдението на разпространението му са от ключово значение за прилагането на ефективни контрамерки.
Вариантът на Omicron се различава значително от другите варианти по това, че Omicron се характеризира с повече от 50 промени в нуклеинова киселина от референтната последователност на SARS-CoV-2, което потенциално може да предизвика откриването на вируса. Възникнаха опасения, че новият вариант може да бъде дори по-преносим от този на Delta.
Поради това JRC бързо разработи нов метод за откриване, специфичен за варианта Omicron. Методът се основава на широко използваната RT-qPCR техника и успешно открива варианта на Omicron in silico.
Това е много бърз тест, лесен за извършване, по-бърз от секвенирането и други налични методи. RT-PCR се настройва лесно във всяка биотехнологична лаборатория, която може да провежда PCR анализи.
Тестовете за прогнозиране на биоинформатиката показват, че последователностите в наборите от праймери са много точни и не съвпадат с генетичните последователности на други вируси, включително други коронавируси или варианти на SARS-CoV-2. JRC директно сподели този нов метод с политиците в ЕС и с научната общност, за да помогне за ускоряване на наблюдението на разпространението на варианта Omicron в световен мащаб, в това, което по същество е надпревара с времето.
JRC сега кани контролни лаборатории по целия свят да го оценят in vivo върху клинични проби и да докладват резултатите обратно на авторите, за да подобрят теста, ако е необходимо.
По-голямата част от промените, характеризиращи варианта на Omicron, се намират в гена, кодиращ гликопротеина на Спайк. Шиповият протеин е ключова структура, която улеснява навлизането на вируса в човешките клетки. Той също така е цел на ваксини, базирани на иРНК и вирусни вектори.
Чрез инспектиране на регионите, кодиращи шиповия протеин на всички пълни последователности, обозначени с Omicron, учените от JRC идентифицираха целеви регион с уникален и специфичен за Omicron клъстер от последователност на нуклеинова киселина.
Само мутации, присъстващи в поне 80% от анализираните последователности, бяха запазени, за да се дефинира набор от често споделени мутации. Използвайки този регион, учените от JRC проектират специфичен за вариант набор от праймери, които да се използват като метод за откриване на Omicron с полимеразна верижна реакция (RT-qPCR), наречен OmMet.
